Mensür Akgün, Orta Doğu Teknik Üniversitesi Uluslararası İlişkiler Bölümü’nden 1981 yılında mezun olmuştur. 1987 yılında Norveç’te Oslo Üniversitesi Sosyal Antropoloji Bölümü’nden yüksek lisans derecesi alan Akgün, 1992 yılında Boğaziçi Üniversitesi’ndeki doktora çalışmasını tamamlayarak “doktor” unvanını almaya hak kazanmıştır. Hâlen profesör olarak İstanbul Kültür Üniversitesi İktisadi ve İdari bilimler Fakültesi Uluslararası İlişkiler Bölüm Başkanı’dır.